AtomEye er atomistisk visualiseringssoftware, der er hurtig nok til at håndtere output af molekylær dynamik-simuleringer med millioner af atomer.Det inkluderer parallelle og perspektivfremskrivninger med fuld tredimensionel navigation, tilpassbar binding og koordinationstalberegning, farvekodning af vilkårlige brugerdefinerede mængder, lokal atomstamme invariant, farvet atomflisning og -sporing, op til 16 skæreplaner, periodisk grænseforholdoversættelser, JPEG, PNG og EPS skærmbilleder og animation scripting ....