Mark of the Ninja består af stealth orienteret 2D platforming.Karakteren kræves for at snige sig gennem en række miljøer, mens den forbliver ude af syne af vagter og udfører tavse fjernelser.Niveauer er opdelt i områder med lys og mørke;spillerens karakter er usynlig, mens den er i sidstnævnte.Lyde som at løbe kan også give væk spillerens karakter placering og er visuelt repræsenteret af en hurtig ekspanderende cirkel.Ualmindeligt for en platformspiller, Mark of the Ninja anvender en linjesynsmekaniker, hvilket betyder, at fjender, der ville være usynlige for karakteren, også er usynlige for spilleren, skønt deres lyde er repræsenteret på skærmen på samme måde som spillerens karakter .... Ved at nærme sig fjender, der ikke er opdaget, er spillerens karakter i stand til at udføre et one-hit-dræb.For at gøre det lettere kan afspilleren slukke lyskilder, skjule sig bag genstande og passere gennem smalle rist og aksler, som ikke er tilgængelige for fjender.Hvis de opdages, skal de undgå deres fjender og forblive ude af syne i en bestemt periode, hvorefter fjender vil vende tilbage til deres oprindelige positioner og henrettelser med et hit, der igen vil være muligt.Fjender reagerer på deres miljø og hinanden;de lyder en alarm, hvis de finder spillerens karakter eller finder en krop, der vil advare alle fjender i området.Hvis de hører en lyd eller får et glimt af spillerens karakter, bliver de mistænkelige, viser et spørgsmålstegn over deres hoved og aktivt søger efter spillerens karakter.Plot: Spillets historie begynder med et angreb fra en væbnet styrke på en ninjabase.Den navngivne hovedperson, der blev sendt ud efter at have modtaget en tatovering, vækkes af en kvindelig ninja ved navn Ora.Ved at samle sit udstyr er ninja i stand til at besejre soldaterne og redde sin mester Azai sammen med sine andre ledsagere.Azai fortæller ham om kraften i hans tatovering og legenden omkring den og forklarer, hvordan blækket kommer fra en speciel ørkenblomst, der giver særlige færdigheder, men til en pris ...