Cytoscape er en open source-softwareplatform til visualisering af komplekse netværk og integrering af disse med enhver type attributdata.En masse plugins er tilgængelige til forskellige slags problemdomæner, herunder bioinformatik, analyse af socialt netværk og semantisk web.Cytoscape understøtter mange anvendelsestilfælde i molekylær- og systembiologi, genomik og proteomik: Indlæs datasæt for molekylær og genetisk interaktion i mange formater Projekter og integrer globale datasæt og funktionelle annotationer Etablere kraftige visuelle kortlægninger på tværs af disse data Udfør avanceret analyse og modellering ved hjælp af Cytoscape-plugins Visualiserog analysere human-kuraterede pathway-datasæt som Reactome eller KEGG.