MSYS er en samling af GNU-hjælpeprogrammer såsom bash, make, gawk og grep for at tillade opbygning af applikationer og programmer, der afhænger af traditionelt UNIX-værktøjer, at være til stede.Det er beregnet til at supplere MinGW og manglerne ved cmd-skallen.Et eksempel ville være at opbygge et bibliotek, der bruger autotools build-systemet.Brugere kører typisk "./configure" og derefter "make" for at bygge det.Konfigurationen af ​​shell-script kræver en shell-script-tolk, som ikke findes på Windows-systemer, men leveret af MSYS ....