Prototype 1: Spillet ligger i New York City, hvor en virulent pest, kendt som Blacklight, spreder sig gennem Manhattan.De inficerede muteres til grusomme monstre af forskellig form med en ukontrollerbar trang til at dræbe alle uinficerede livsformer.I midten af ​​det er hovedpersonen, Alex Mercer, en utroligt kraftig figurskifter uden hukommelse fra sin fortid.Parallelt med spillets historie er muligheden for at spille spillet som et sandkasse-stil videospil, der giver spilleren frihed til at strejfe rundt på Manhattan.Prototype er et action-adventure open world videospil udviklet af Radical Entertainment og udgivet af Activision.Spillet blev frigivet i Nordamerika den 9. juni 2009 og i de sydvestlige dele af Nordamerika såvel som Oceanien den 10. juni og blev frigivet i Europa den 12. juni .... Plot Spillet følger Alex J. Mercer, der vågnerop i et likhus i kælderen i Gentek, et genetisk ingeniørfirma med base i Manhattan, og sendte et par videnskabsmænd, der lige var ved at udføre en obduktionsløb.Alex slipper ud og vidner til, at forskerne bliver udskåret af militære operativer.Alex bliver opdaget og angrebet ... Prototype 2: Spillet indeholder en ny hovedperson, James Heller, når han på jagt på at ødelægge Blacklight-virussen.Historien er også en hævn, da Heller vil dræbe Alex Mercer, hovedperson i den oprindelige prototype, efter at hans familie blev dræbt i udbruddet af Blacklight-virussen.Grund 14 måneder efter prototypen er Manhattan igen i karantæne på grund af et andet udbrud, et langt værre end det første, og blokeret for de andre bydele i New York City, der er omdøbt til New York Zero (NYZ).Kvartererne i New York er blevet opdelt i tre zoner, den røde, gule og grønne zone.Hver region står for, hvor påvirket New York City er af Blacklight-virussen.De fleste bydele i New York Zero er blevet inficeret.James Heller vil have missioner i hver zone, og hver missions vanskelighed afhænger af hvilken zone det er