VMD er i stand til at arbejde med meget store strukturer op til grænserne for tilgængelig hukommelse.64-bit versionerne af VMD tillader simuleringstræk i store størrelser og lang tid at indlæses i fysisk hukommelse og rumme store volumetriske datasæt.Den 64 millioner atom-HIV-kapsidsimulering, der blev beskrevet i 30. maj 2013-udgaven af ​​Nature, er et førsteklasses eksempel på, hvad der kan gøres med VMD på en passende udstyret grafisk arbejdsstation.HIV-1-modellen blev forberedt til simulering under anvendelse af strukturbygningsværktøjer og scripting-funktioner i VMD blev senere anvendt til baneanalyse.Helt atomstrukturen af ​​HIV-1-kapsiden vist på Nature-dækslet blev gengivet inden i VMD under anvendelse af den interne Tachyon-stråle-sporingsmotor og blev derefter sammensat med en kunstnerisk repræsentation af den virale kuvert og Nature-dækningsteksten....